宿主へ感染するためにウイルスが使うさまざまな侵入門戸を図３に示している。このうちもっとも多くウイルスが侵入に際してとるルートが消化管と呼吸器である。また、これらの部位は増殖したウイルスが新たな宿主を求めて出て行く主要なルートでもある。しかし、消化管や呼吸器の微小環境は、感染を企てるウイルスにとって厳しいものである。現実には多くの病原体が感染に至らずに終わっている。その中で消化管と呼吸器の感染に成功するものがある。
・消化管
エンテロウイルスとライノウイルスは同じピコルナウイルス科のウイルスでありながら、前者は胃酸のｐHに耐えるが、後者は不活性化されてしまい、小腸にたどり着けない。胆汁酸の界面活性剤としての作用は多くのエンベローブを持つウイルスにとって大敵である。A型肝炎ウイルス（HAV）もHBVもともに肝臓で増殖し、胆汁中に排泄されながら、HBVはエンベローブを持つためにその感染力を失う一方、HAVはエンベローブを持たないために胆汁酸の影響を受けることなく、感染性を持った粒子が糞便から排泄される。
膵臓から分泌されるさまざまの消化酵素も本来ウイルスにとって大敵であるのだが、ロタウイルスのように、プロテアーゼでウイルスタンパクの一部が消化切断されることによって逆に感染性を獲得するウイルスもある。
・呼吸器
呼吸器の微小環境は、粘液の層と線毛運動にっよって特徴づけられる。ウイルスは線毛に強固に吸着することにより、粘液に丸め込まれ、線毛運動で咽頭まで押し返され、消化管に落ちることから逃れなければならない。線毛への強固な吸着は一般に糖蛋白のスパイクを持つエンベローブのほうが有利である。インフルエンザウイルスはその好例である。このような菌の宿主細胞への付着に関する構造的因子を病原因子virulence factorという。
