インフルエンザウイルスの感染は、原則として閉めきられた部屋や乗り物などの閉鎖環境における飛沫（ひまつ）感染である。患者のくしゃみ、咳などによってインフルエンザウイルスを含む飛散微粒子の飛沫核となって排出され飛び散り、周囲数メートルの範囲内にいる人の鼻腔内に侵入する。そこでウイルス粒子表面にある血球凝集素が、上気道粘膜上皮細胞の表面にあるシアル酸レセプターに吸着して感染を始める。たとえば、侵入した１個のウイルスは感染してそこで増えて、約８時間後に数百から数千のウイルス粒子を放出し、２世代の増殖後の約１４時間後には数百万個に達する。そして２０〜５０時間後に症状として３９〜４０℃の高熱が出て、頭痛、筋肉痛、関節痛などのいわゆるかぜ症候群の症状が現れてくる。そしてこの時期にインターフェロンが産出されインフルエンザウイルスの増殖を抑え、１週間後に鼻汁抗体、血中抗体による免疫力が揃い、合併症がなければ回復する。