ウイルスに感染してから２〜６週間後に症状が出始める。３８℃以上の発熱・全身倦怠感・食欲不振・頭痛・関節痛・悪心・嘔吐・肝腫大と圧痛・黒っぽい尿・白色糞便などの感冒症状で始まり、つづいて黄疸（皮膚や白目の黄染）が出現する。黄疸は小児では１週間程度であるが、成人では４〜６週間持続する。死亡率は０．５％程度である。

ウイルスに感染してから１〜６ヶ月後に発病する。倦怠感・食欲不振・嘔吐・右上腹部（肝臓の位置）の痛み・気持ち悪い等があり、一部で軽度発熱・発疹・関節炎をみる。その後、黄疸・黒っぽい尿・白色糞便が見られる。９０％の患者は完全回復し、残りの１０％は劇症肝炎や慢性肝炎になり、その一部は肝硬変や肝細胞癌となり得る。無症状なのにウイルスを保有するもの（キャリアー）になる場合もある。

潜伏期間は２〜１６週間。まれに数ヶ月に及ぶ。症状はＢ型肝炎と似ているが軽く、黄疸が出るのは半数程度。症状が出ない人も３０〜４０％程度ある。Ｂ型肝炎に比べ慢性肝炎になる率が高く、２０％が肝硬変になると言われている。肝細胞癌にも関係しているらしい。

Ｄ型肝炎ウイルスのみでは何も起こらないが、Ｂ型肝炎ウイルスと一緒に感染すると、平均約３５日（３〜２０週）の潜伏期の後に発症する。Ｂ型のみに比べ劇症肝炎になる率は高くなるが、慢性肝炎になる率は高くない。症状は他の肝炎と同じだが、重症になる。

症状はＡ型肝炎に類似するが、潜伏期が平均４０日（２〜９週）とより長く、黄疸が重く長く続く、妊婦で劇症化しやすいといった点が異なる。