1. 血球計算版によく似たPetroff-Hauser細菌計算版を用いて、深さ0.02ｍｍ、面積1／400ｍｍ2の計算室（1／20000ｍｍ3）中の細菌を、顕微鏡（強拡大油浸レンズ）を使って数える。
2. 食塩などの電解液に細菌を分散させ、電流の流れている細孔を通過させると、細孔はそれ自体で大きな抵抗を有しているが、細菌が通過することにより、細菌の体積分だけ電解液が置換され、より抵抗が増加し、細菌の体積に比例した電圧パルスが生じる。この電圧パルスの大きさと数を電気的に測定することができるようになったCoulter counterを使用することによって、細菌の菌数を測定する。

�@平板塗布法、�A混和培養法、�Bメンブランフィルター法があり、集落形成能をもった菌数を数える方法である。しかし、1つの集落を形成する最初の菌が数個くっついているときには、正確に菌数を数えたことにならないので菌種によっては正確な数を求めることはできない。一般に集落数の信頼度は数えた集落数の総数によって決まるので、集落数の少ない平板を何枚もまくより、集落数が多くなるように1枚の平板に巻いたほうが精度が高くなる。もちろん平板上の集落数が多すぎると集落が重なり合って不正確になる。生じた集落数から生菌数をCFU／ｍｌで表現する。また、試料を希釈してから平板に塗布することになるが、１回の希釈の確率誤差をａ％とし、そのような希釈をｎ回行ったとすると、希釈に伴う誤差はａ×となるので、希釈の回数をできるだけ少なくして実験の精度を高く保つようにしなければならない。

乾燥重量、窒素量、DNA量、RNA量、タンパク量、培養液を遠心して沈殿した菌の体積などを測定する方法があるが、最もよく行われるのは光電光度計を使用して濁度（turbidity、OD）を測定する方法である。この方法ではもちろん死菌も入ってくる。濁度法は最近がR型でclumpingしていたり、色がついていて吸収があるときは使えないことがある。通常完全培地では600~660nm、最小栄養培地では420~560nmの波長を使用して着色の影響を少なくし、かつ感度がよい波長を選ぶ。