クラミジアは「Bergey’s Manual」では、Rickettsias and ChlamydiasというSectionに分類され、リケッチア目とクラミジア目に分けられる。クラミジア目はクラミジア科、クラミジア属の１科１属よりなる。クラミジア属は３つの種、すなわちC.trachomatis,C.psittaciおよびC.pneumoniaeよりなり、C.trachomatisはさらに3生物型（ビオバー biovar）、biovar mouse 、biovar trachoma、biovar lymphogranuloma venereum（LGV）に分けられる。

C.psittaciも多くの型が存在することが明らかであるが、いまだ型別による分類に至っていない。

LGV型とトラコーマ型は、DNA-DNAハイブリダイゼ−ションの結果、ほぼ完全にDNAの配列が一致していることが判明している。マウス型と他の二つの生物型間ではDNAの相同性は30〜60％で、同一種としての限界値に位置し、C.trachomatisとC.psittaciあるいはC.pneumoniae間のDNA相同性は10％と低い。

最近，ウシ，ヒツジに病原性を示し、C.psittaciとは異なるクラミジアが分類され、C.pecorumと命名され、新種として確立されている。クラミジアの種の相互間のDNAホモロジ−は前述のようにきわめて低く、種の分類については今後も検討されるべき問題が多い。

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