細胞内増殖型である網様体の代謝系を標的にして、化学療法を行う。

テトラサイクリン系の抗生物質（タンパク合成阻害剤で網様体の増殖を阻害する）は、両種のクラミジアに著明な効果があり、1次選択剤である。ミノサイクリン、ドキシサイクリンのC.trachomatisに対する抗菌力を封入体形成阻止濃度（MIC）で測定すると0.063μｇ／ｍｌ前後で、きわめて良好な抗菌活性を示す。マクロライド系およびリファンピシンも有効である。とくにクラリスロマイシンはＭＩＣ値が0.008～0.016μｇ／ｍｌであり、妊婦や小児に対しての使用が可能である。

ペニシリン系・セファルスポリン系（網様体から基本小体への変換を阻害する）は効果が弱く、ＭＩＣ値は一般的に8～128μｇ／ｍｌである。最近登場してきたキノロン系合成抗菌剤は、ＭＩＣ値で0.063～1.0μｇ／ｍｌであり、オフロキサシン、レボフロキサシン、トスフロキサシン、スパフロキサシンなど尿中排泄もよく、C．trachomatisによる非淋菌性尿道炎には有効である。

アミノグリコシド系（宿主細胞へ取り込まれにくい）は無効であり、逆にそれを利用して、クラミジアを分離する際に、雑菌の汚染・増殖 を防ぐ目的で、高濃度のストレプトマイシンを加える。サルファ剤（葉酸合成を阻害する）は、C.trachomatisに対してのみ有効である。

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