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最近では今までの抗結核薬がきかない多剤耐性結核症も時々みられる。この最大の原因は、決められた抗結核薬を途中で自己判断でやめた人に多く、結核菌が抗結核薬に抵抗できる能力を備えてきたもので（耐性を獲得）、現時点では決定的治療法はない。
結核菌を出していない初期の結核では、学校や仕事を続けながら、通院治療も可能。
1998年、フランスのパスツール研究所で結核菌の全遺伝子情報を解読することに成功した。結核菌は約4000個の遺伝子から成り立っていることがわかった。その詳細な構造がわかったので、これから多剤耐性結核菌のための新薬の開発など結核研究の大いなる進歩が期待されている。